CDC เป็นหน่วยงานภายใน Department of Health and Human Services (HHS) มีพนักงานกว่าสองหมื่นคนในกว่าหกสิบประเทศ โดยทั่วไปตำแหน่งผู้อำนวยการของ CDC คือการแต่งตั้งทางการเมืองโดยประธานาธิบดีที่ไม่ต้องการการอนุมัติจากวุฒิสภา กรรมการเป็นผู้เชี่ยวชาญด้านการดูแลสุขภาพเสมอ Rochelle Walensky แพทย์และนักไวรัสวิทยาได้เป็นหัวหน้าหน่วยงาน ศูนย์ควบคุมโรค ตั้งแต่เดือนมกราคม 2564 CDC แบ่งออกเป็นสถาบัน สำนักงาน และศูนย์ โดยมีหน่วยงานหลักสิบสองแห่งและมากกว่าสองโหลในทั้งหมด โดยแต่ละแห่งมีจุดเน้นของตนเองเช่น ศูนย์ป้องกันและควบคุมการบาดเจ็บแห่งชาติ และสำนักงานสุขภาพชนกลุ่มน้อยและความเสมอภาคด้านสุขภาพ