การอักเสบระดับต่ำ ปัจจัยหนึ่งที่มีบทบาทสำคัญใน IBS คือการควบคุมระบบภูมิคุ้มกัน สิ่งนี้สามารถอธิบายเพิ่มเติมได้โดยการอธิบายและวิเคราะห์ผล ลำไส้แปรปรวน กระทบต่อการติดเชื้อ GI, IBD และจุลินทรีย์ IBS หลังติดเชื้อ ระหว่าง 3 ถึง 35 ของผู้ป่วยประเมินความคืบหน้าในการพัฒนาอาการ IBS สามถึงสิบสองเดือนหลังจากติดเชื้อทางเดินอาหาร 32 , 33โดยเฉพาะอย่างยิ่ง มีการเพิ่มขึ้นของเซลล์อักเสบของเยื่อเมือก โดยเฉพาะเซลล์แมสต์ ในส่วนต่างๆ ของลำไส้เล็กและลำไส้ใหญ่ การเพิ่มขึ้นของการปลดปล่อยสื่อกลางบางชนิด เช่น ไนตริกออกไซด์ อินเตอร์ลิวคิน ฮีสตามีน และโปรตีเอส นำไปสู่การกระตุ้นระบบประสาทในลำไส้ ในที่สุดผู้ไกล่เกลี่ยดังกล่าวทำให้เกิดความบกพร่องในการเคลื่อนไหว การหลั่ง และภาวะ hyperalgesia ของระบบทางเดินอาหาร