ผู้ป่วยที่เป็นโรคไข้กาฬหลังแอ่นจะได้รับการรักษาด้วยยาปฏิชีวนะ ใน ปริมาณ มาก ยาปฏิชีวนะในระบบที่ไหลผ่านกระแสเลือดจะฆ่าแบคทีเรียอย่างรวดเร็ว แต่เมื่อแบคทีเรียถูกฆ่า สารพิษก็จะยิ่งหลั่งออกมามากขึ้น ต้องใช้เวลาหลายวันกว่าที่สารพิษจะถูกทำให้เป็นกลางจากร่างกายโดยใช้การบำบัดด้วยของเหลวอย่างต่อเนื่องและการรักษาด้วยยาปฏิชีวนะ วิธีการป้องกันที่มีประสิทธิภาพที่สุดคือวัคซีนป้องกันเชื้อN. meningitidis แต่ละประเทศมีสายพันธุ์ของแบคทีเรียที่แตกต่างกัน ดังนั้นจึงใช้วัคซีนที่แตกต่างกัน มีอยู่สิบสองกลุ่มซีโรกรุ๊ป (สายพันธุ์) โดยหกกลุ่มมีศักยภาพในการก่อให้เกิดการแพร่ระบาดครั้งใหญ่ - A, B, C, X, Y และ W135 มีส่วนรับผิดชอบต่อโรคในมนุษย์แทบทุกกรณี ปัจจุบันมีวัคซีนสำหรับป้องกันทั้ง 6 สายพันธุ์ รวมถึงวัคซีนป้องกันเซโรกรุ๊ปบีที่ใหม่กว่า วัคซีนป้องกัน โรคไข้กาฬ หลังแอ่นซีโรกรุ๊ปบี (เยื่อหุ้มสมองอักเสบบี) เป็นครั้งแรกได้รับการอนุมัติโดยคณะกรรมาธิการยุโรปเมื่อวันที่ 22 มกราคม พ.ศ. 2556 วัคซีนให้การป้องกันที่สำคัญตั้งแต่สามถึงห้าปี (วัคซีนโพลีแซคคาไรด์ธรรมดา Menomune, Menencevax และ NmVac-4) ไปจนถึงมากกว่าแปดปี (วัคซีนคอนจูเกต Menactra)