โปรไบโอติกหลายชนิดที่อาจมีประโยชน์ต่อสุขภาพได้ถูกแยกออกจากระบบทางเดินอาหารของมนุษย์ที่มีสุขภาพดี (ต้นกำเนิดของมนุษย์) มีแหล่งที่มาที่ไม่ใช่มนุษย์ด้วยเช่นกัน นมวัวดิบถือเป็นแหล่งแบคทีเรียโปรไบโอติกที่ดีเยี่ยม โดยปกติแล้วการบำบัดด้วยความร้อน เช่น การพาสเจอร์ไรซ์และการฆ่าเชื้อจะทำลายจุลินทรีย์ที่เป็นประโยชน์เหล่านี้ในน้ำนมดิบ อย่างไรก็ตาม อาจคาดหวังผลเสริมฤทธิ์กันที่ดีขึ้นจากการนำโปรไบโอติกดังกล่าวกลับคืนสู่นมเมื่อผลิตผลิตภัณฑ์จากนมส่วนใหญ่เนื่องมาจากแหล่งกำเนิดของนม ประสิทธิภาพของโปรไบโอติกจากนมเมื่อรวมเข้ากับอาหารที่ไม่ใช่นมอาจได้รับผลกระทบอย่างมีนัยสำคัญ และเพื่อให้สอดคล้องกับสิ่งนี้ จำเป็นต้องมีการวิจัยเพิ่มเติมเพื่อค้นหาผลกระทบของคุณสมบัติเชิงหน้าที่ของโปรไบโอติกจากนมเมื่อรวมเข้ากับเมทริกซ์อาหารที่ไม่ใช่นมรวมถึงเครื่องดื่ม อย่างไรก็ตาม การพัฒนาผลิตภัณฑ์จากนมที่มีโปรไบโอติกไม่ใช่เรื่องง่ายเสมอไป และจำเป็นต้องเอาชนะข้อกำหนดทางเทคโนโลยีที่เกี่ยวข้องกับขั้นตอนการประมวลผล ตัวอย่างเช่น,50] จุลินทรีย์ แม้ว่าการมีโปรไบโอติกร่วมกับอาหารที่ทำจากนมจะมีประโยชน์หลายประการ แต่อาหารโปรไบโอติกที่ไม่ใช่นมก็มีบทบาทสำคัญในสุขภาพของมนุษย์เช่นกัน ตัวอย่างเช่น มีข้อเสียที่สำคัญที่เกี่ยวข้องกับอาหารที่ทำจากนม เช่น การแพ้ การแพ้แลคโตส และปริมาณคอเลสเตอรอล ดังนั้น อาหารที่มีโปรไบโอติกที่ไม่ใช่นมจึงเป็นประโยชน์ต่อผู้ที่มีความผิดปกติด้านสุขภาพดังกล่าว นอกจากนี้ วัฒนธรรม (วีแกนที่เข้มงวด) รวมถึงความเชื่อทางศาสนาที่เฉพาะเจาะจงในบางชุมชนอาจจำกัดการบริโภคอาหารที่ทำจากนมด้วย ในสถานการณ์เช่นนี้ อาหารพาหะโปรไบโอติกที่ไม่ใช่นมและวิธีการจัดส่งที่สะดวก เช่น แท็บเล็ตอาจเป็นวิธีเดียวในการให้โปรไบโอติก โปรไบโอติกแต่ละสายพันธุ์มีเอกลักษณ์เฉพาะในหลาย ๆ ด้าน เช่น สภาพการเจริญเติบโตที่เหมาะสมและสื่อการเจริญเติบโต เพราะเหตุนี้ โดยทั่วไปแล้ว โปรไบโอติกที่ไม่ใช่นมส่วนใหญ่เป็นเครื่องดื่ม ในบริบทนี้ อาจเป็นที่ถกเถียงกันอยู่ว่าตัวพาโปรไบโอติกที่ไม่ใช่นม รวมถึงเครื่องดื่ม อาจมีความสำคัญพอๆ กันกับตัวพาที่เกี่ยวข้องกับนมในแง่ของสุขภาพและโภชนาการของมนุษย์ เครื่องดื่มโปรไบโอติกที่ไม่ใช่นมที่มี จำหน่ายทั่วไปบางชนิดแสดงไว้