ต้นกำเนิดของอัลปาก้าเป็นประเด็นถกเถียงที่สำคัญมานานหลายทศวรรษ การถกเถียงครั้งนี้มีความซับซ้อนเนื่องจากความรู้ที่ว่าอัลปาก้าและลามะสามารถผสมพันธุ์กันและให้กำเนิดลูกหลาน อัลปากา ที่อุดมสมบูรณ์ ซึ่งชี้ให้เห็นว่าทั้งสองสายพันธุ์มีต้นกำเนิดมาจากกัวนาโค (กัวนาโกเป็นสายพันธุ์พ่อแม่ของลามะ) อย่างไรก็ตาม การศึกษาทางพันธุกรรมที่ดำเนินการในช่วงต้นศตวรรษที่ 21 ระบุว่าอัลปาก้าเป็นลูกหลานของบีกุญญาที่เลี้ยงในบ้าน และการเลี้ยงนี้เกิดขึ้นในเทือกเขาแอนดีสเมื่อ 6,000 ถึง 7,000 ปีก่อน